Fundacja powstała z przekształcenia działającej od stycznia 1993 roku Kasy Zapomogowej na Wypadek Utraty Licencji Pilota z Powodu Stanu Zdrowia lub Śmierci przy Związku Zawodowym Pilotów Komunikacyjnych PLL LOT SA. Została zarejestrowana przez Sąd Rejonowy dla m.st. Warszawy XIII Wydział Gospodarczy Krajowego Rejestru Sądowego w dniu 22. 08. 2006 roku pod numerem KRS 0000262459.

Celem Fundacji Pilotów Komunikacyjnych jest wszechstronnie rozumiana ochrona zdrowia pilotów i pomoc materialna tym z nich, którzy nie mogą już wykonywać swojego pięknego zawodu z powodu utraty zdrowia lub ich rodzinom w przypadku ich śmierci. Fundacja utrzymuje się z darowizn świadczonych na jej rzecz przez pilotów PLL LOT SA. Do jej darczyńców należy większość pilotów LOT’u.

Zawód pilota jest piękną i wymagającą wszechstronnych umiejętności profesją. Z racji konieczności spełniania przez pilotów ostrych norm zdrowotnych, piloci PLL LOT założyli Fundację w celu ochrony przed utratą licencji z powodów medycznych. Utrata uprawnień do wykonywania tego zawodu z powodu stanu zdrowia jest w każdym indywidualnym przypadku wielką osobistą tragedią, tym bardziej, że dosyć często dzieje się to w wieku, który nie daje im możliwości ubiegania się o emeryturę. Fundacja Pilotów Komunikacyjnych pomaga tym którzy nie mieli szczęścia dotrwać w tym pięknym zawodzie do emerytury i ich rodzinom gdy ich zabraknie. Wszystkie funkcje w Fundacji pełnione są społecznie przez pilotów Polskich Linii Lotniczych LOT SA.